1939-cu ildə Naxçıvan Pedaqoji Texnikumunu bitirdikdən sonra Azərbaycan Sənaye İnstitutunun (indiki Azərbaycan Dövlət Neft Akademiyası) memarlıq fakültəsinə daxil olmuş, lakin İkinci dünya müharibəsinin başlanması ilə əlaqədar təhsili yarımçıq qalmışdır.

Heydər Əliyev 1941-ci ildən Naxçıvan MSSR Xalq Daxili İşlər Komissarlığında şöbə müdiri və Xalq Komissarları Sovetində məsul vəzifələrdə çalışmış, 1944-cü ildən isə dövlət təhlükəsizliyi orqanlarında işə göndərilmişdir. Leninqrad (indiki Sankt-Peterburq) və Moskva şəhərlərində xüsusi ali təhsil almış, 1957-ci ildə isə Azərbaycan Dövlət Universitetinin tarix fakültəsini bitirmişdir. Dövlət təhlükəsizliyi orqanlarında iyirmi beş il çalışan Heydər Əliyev 1964-cü ildən Azərbaycan SSR Nazirlər Soveti yanında Dövlət Təhlükəsizliyi Komitəsinin sədr müavini, 1967-ci ildən sədri vəzifələrində işləmiş və general-mayor rütbəsinə yüksəlmişdir.

Heydər Əliyev Azərbaycan Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsinin 1969-cu il iyul plenumunda Azərbaycan Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsinin birinci katibi seçilərək respublikanın rəhbəri olmuşdur.

1976-cı ildə Sovet İttifaqı Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsi Siyasi Bürosu üzvlüyünə namizəd, 1982-ci ilin dekabrında isə Siyasi Büronun üzvü seçilən Heydər Əliyev SSRİ Nazirlər Soveti sədrinin birinci müavini vəzifəsinə təyin edilmişdir. Bu vəzifədə işləyərkən Heydər Əliyev SSRİ-nin iqtisadi, sosial və mədəni həyatının ən mühüm sahələrinə rəhbərlik etmişdir.

Heydər Əliyev iyirmi il ərzində SSRİ və Azərbaycan SSR Ali Sovetlərinin deputatı olmuş və beş il SSRİ Nazirlər Soveti sədrinin birinci müavini vəzifəsində çalışmışdır.

1987-ci ilin oktyabrında Sovet İttifaqı Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsi Siyasi Bürosunun və şəxsən Baş katib Mixail Qorbaçovun yeritdiyi siyasi xəttə etiraz əlaməti olaraq tutduğu vəzifələrdən istefa vermişdir.

Heydər Əliyev 1990-cı il yanvarın 20-də sovet qoşunlarının Bakıda törətdiyi qanlı faciənin ertəsi günü Azərbaycanın Moskvadakı nümayəndəliyində bəyanatla çıxış edərək Azərbaycan xalqına qarşı törədilmiş cinayətin təşkilatçıları və icraçılarının cəzalandırılmasını tələb etmişdir. SSRİ rəhbərliyinin ikiüzlü siyasəti nəticəsində Dağlıq Qarabağda yaranan kəskin münaqişə vəziyyətinə etiraz əlaməti olaraq, 1991-ci ilin iyulunda Sovet İttifaqı Kommunist Partiyasının sıralarını tərk etmişdir.

1990-cı ilin iyulunda Azərbaycana qayıdan Heydər Əliyev ilk əvvəl Bakıda, sonra isə Naxçıvanda yaşamış, həmin ildə də Azərbaycan Ali Sovetinə deputat seçilmişdir. 1991-1993-cü illərdə Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin sədri, Azərbaycan Respublikasının Ali Məclisinin sədr müavini vəzifələrində çalışmışdır. Heydər Əliyev 1992-ci ildə Yeni Azərbaycan Partiyasının Naxçıvan şəhərində keçirilmiş təsis qurultayında partiyanın sədri seçilmişdir.

1993-cü ilin may-iyun aylarında hökumət böhranının son dərəcə kəskinləşməsi nəticəsində ölkədə vətəndaş müharibəsinin baş verməsi və müstəqilliyin itirilməsi təhlükəsi yarananda Azərbaycan xalqı Heydər Əliyevin hakimiyyətə gətirilməsi tələbini irəli sürdü və Azərbaycanın o dövrkü rəhbərliyi Heydər Əliyevi Bakıya dəvət etməli oldu.

Heydər Əliyev 1993-cü il iyunun 15-də Azərbaycan Ali Sovetinin sədri seçilmiş, iyunun 24-də isə Milli Məclisin qərarı ilə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin səlahiyyətlərini həyata keçirməyə başlamışdır.

Heydər Əliyev 1993-cü il oktyabrın 3-də keçirilən səsvermə nəticəsində Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçilmişdir.

1998-ci il oktyabrın 11-də keçirilmiş seçkilərdə o, yenidən Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçilmişdir. Öz namizədliyinin növbəti prezident seçkilərində irəli sürülməsinə razılıq vermiş Heydər Əliyev səhhətində yaranmış problemlərlə bağlı 2003-cü il oktyabrın 15-də keçirilən seçkilərdə iştirakdan imtina etmişdir.

Azərbaycanın ümummilli lideri Heydər Əliyev 2003-cü il dekabrın 12-də müalicə olunduğu Klivlend klinikasında (ABŞ) vəfat etmiş, dekabrın 15-də Bakıda Fəxri xiyabanda dəfn olunmuşdur.