20 Şubat 1988 tarihinde Dağlık Karabağ Özerk Bölgesi'nin Halk Milletvekilleri Kurulu toplantısında vilayetin Ermeni topluluğunun temsilcileri DKÖV`nin Azerbaycan SSC`den alınıp Ermenistan SSC'ye verilmesi hakkında Azerbaycan SSC ve Ermenistan SSC Yüksek Sovyetlerine başvurmak kararı aldılar. 22 Şubat 1988 tarihinde Hankendi- Ağdam şosesinde bulunan Askeran kasabası yakınlarında Ermeniler DKÖV`nin Halk Milletvekilleri Kurulu`nun yukarıda belirtilen kararına itiraz eden sivil Azerbaycanlı göstericilere ateş ettiler. Sonuçta ölen iki Azerbaycanlı genç sorunun ilk kurbanları oldular.

26-28 Şubat 1988 tarihinde Sumgayıt olayları sonucunda yirmi altı Ermeni ve Azerbaycanlı öldürüldü. Belirtmek gerekir ki, bu olayların aktif katılımcılarından birisi, Ermenilere karşı uygulanan şiddette, Ermeniler`in yaşadığı bölgelerde katliamlarda bizzat yer almış Sumgayıt şehrinde oturan Ermeni Eduard Grigoryandı. Azerbaycan SSC Yüksek Mahkemesi'nin 22 Aralık 1989 tarihli kararıyle Grigoryan 12 yıl hapis cezasına çarptırıldı. Mahkeme Grigoryan`ın bozgunların ve katliamların organizatörlerinden birisi olması konusunda karar verdi. Tanıklar ve olay kurbanlarının ifadeleri kanıtladı ki, Gregoryan`da Ermenilerin yaşadığı dairelerin listesi vardı ve o, diğer üç Ermeniyle beraber Ermeniler`e karşı bizzat kendi katılımıyla halkı intikam eylemlerine çağırıyordu. Aslında Ermeni yönetimine geniş Azerbaycan karşıtı yaptırımlara başlama ve Azerbaycan'a karşı saldırgan adımlara beraat kazandırma aracı olarak zorunlu olan Sumgayıt olaylarının daha önceden planı yapılmış ve hazırlanmıştı.

1988-1989 yıllarında Azerbaycanlılar Ermenistan'dan göçe zorlandılar. Toplu sınırdışı eylemi sırasında en az 216 Azerbaycanlı öldürüldü ve 1 154 Azerbaycanlı yaralandı. Ermenistanlı mülteciler, yaklaşık 200.000 kişi Azerbaycan'a gelmek zorunda kaldılar. 23 Eylül 1989 tarihinde Azerbaycan SSC Yüksek Sovyeti "Azerbaycan Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti'nin egemenliği hakkında" Azerbaycan SSC'nin Anayasa Yasası'nı onayladı. Bu yasanın 5. maddesinde yönetimin Azerbaycan'ın ayrılmaz bir parçası olan Nahçıvan Özerk Cumhuriyeti ve Dağlık Karabağ Özerk Bölgesi de dahil olmakla ülkenin tüm topraklarına uygulandığı ve Azerbaycan SSC'nin diğer müttefik cumhuriyetlerle sınırları sadece ilgili cumhuriyetlerin karşılıklı anlaşması üzere değiştirilebileceğini yazıyordu.

1 Aralık 1989 tarihinde Ermenistan SSC Yüksek Sovyeti Ermenistan SSC ve Dağlık Karabağ'ın yeniden birleştirilmesiyle alakalı kararı onayladı. 10 Ocak 1990 tarihindeyse SSCB Komunist Partisi Genel Komitesi Dağlık Karabağ konusunda Ermenistan SSC Yüksek Sovyeti 1 Aralık 1989 ve 9 Ocak 1990 tarihlerinde aldığı kararların SSCB Anayasası'na uygun olmamasını belirten bir yasa hazırladı. Yasada Ermenistan SSC ile Dağlık Karabağ'ın Azerbaycan SSC'nin izni olmadan yeniden birleştirilmesinin yasadışı olması belirtildi.

20 Ocak 1990 tarihinde Mihail Gorbaçov döneminde Sovyet yönetiminin onayıyle Sovyet ordusunun birlikleri Bakü'ye askeri saldırı düzenlediler. Onların görülmemiş vahşetle gerçekleştirdiği eylemlerin sonunda yüzlerce Azerbaycanlı öldürüldü ve yaralandı. 1991 yılında eski SSCB merkezi yargı organları Dağlık Karabağ dışında faaliyet gösteren onlarca Ermeni silahlı grubunu tutukladılar. Öyle ki, Azerbaycan'ın Hanlar ilçesinin Çaykent köyü Ermeni silahlı gruplarınca suç merkezine dönüştürülmüştü. Buradan komşu köylere ve yollara saldırılar düzenlenmekte, yerel Azerbaycanlı nüfus korku ve panik içinde tutulmaktaydı. 1989 1991 yılları arasında Çaykent`te ve çevre bölgelerde 54 yerel sakin Ermeni silahlı gruplarının kurbanına dönüştü. 1992 yılında Azerbaycan Goranboy bölgesini de kendi denetimi altına almağı başardı. 30 Ağustos 1991 tarihinde Azerbaycan'ın Yüksek Sovyeti 23 Eylül 1989 tarihli Anayasasına dayanarak, 1918 yılında Azerbaycan Demokratik Cumhuriyetince kazanılmış bağımsızlığını tekrar ilan etti. 2 Eylül 1991 tarihinde Dağlık Karabağ Vilayet ve Şaumyan İl Halk Milletvekilleri Sovyetlerinin ortak oturumunda Azerbaycan'ın DKÖB ve Şaumyan bölgesi sınırları çerçevesinde "Dağlık Karabağ Cumhuriyeti" nin oluşturulmasıyla alakalı genelge yayınlandı.

18 Ekim 1991 tarihinde kabul edilen "Azerbaycan Cumhuriyeti'nin Devlet Bağımsızlığı hakkında" Bildirge Azerbaycan Cumhuriyeti'nin siyasi ve ekonomik bağımsızlığının temelini oluşturdu. 26 Kasım 1991 tarihinde Azerbaycan Cumhuriyeti Yüksek Sovyeti "Azerbaycan Cumhuriyeti'ne bağlı Dağlık Karabağ Özerk Bölgesi'nin fesedilmesi hakkında" yasayı onayladı. 1991 yılının sonu, 1992 yılının başlarında sorunun askeri müdahele aşaması başladı. Ermenistan Sovyetler Birliği'nin parçalanması ve Azerbaycan'da patlak veren iç çekişmeler sonucunda oluşmuş siyasi sivil istikrarsızlıktan faydalanarak, yabancı ülkelerden askeri destek alarak Dağlık Karabağ'da askeri operasyonlara başladı.

1992 yılının şubat ayında Hocalı kentinde kent halkına karşı şimdiye kadar eşi, benzeri görülmemiş katliam yapıldı. Hocalı soykırımı olarak bilinen bu kanlı facia yüzlerce Azeri'nin şehit edilmesi, yahut rehin alınmasıyla sonuçlanmış, şehir yerle bir edilmiştir. 26 Şubat 1992 tarihinde Ermeni silahlı kuvvetleri eski SSCB 366 sayılı motorlu alayının yardımıyla Hocalı'yı işgal ettiler. O dehşet dolu gecede şehirde bulunan Hocalı halkı (yaklaşık 2.500 kişi) saldırı başladıktan sonra uluslarından olan insanların yaşadığı en yakın yere ulaşmak amacıyla evlerinden çıktılar, fakat onların bu gayretleri boşunaydı. İşgalciler Hocalı'yı yerlebir ederek şehir halkını işkenceyle katlettiler. Hocalı'nın yüzlerce masum halkına karşı acımasızca soykırım yapılması Ermenistan-Azerbaycan savaşı sırasında işlenen en vahim suçlardan birisiydi. Ermeni silahlı birlikleri ve ona destek veren diğer yabancı kuvvetler Hocalı`da ve civar bölgelerde bulunanlara, bölgeyi terkedemeyenlere, neredeyse, hiç acımadılar. Sonuçta toplam 613 kişi olmakla, 106 kadın, 63 çocuk ve 70 yaşlı şehit edildi. 1 275 kişi rehin alındı, 150 kişinin kaderiyse hala belli değil. Soykırım sırasında Hocalı`da outran nufustan 76`sı çocuk olmakla, 487 kişi yaralandı ve ya sakat bırakıldı, 6 aile tamamen yok edildi, 26 çocuk ebeveynlerinin her ikisini, 130 çocuksa ebeveynlerinden birisini kaybetti. 56 kişi çok ağır işkencelerle öldürüldü: diri diri yakılmış, başının derisi saçlarıyla beraber soyulmuş, kafası koparılmış, gözleri oyulmuş cesetler ortada bırakılmıştı. Hamile kadınların karnından bebekleri çıkarıldı ve süngülendi. Ermeni yetkilileriyse duyarsızlıkla olguları çarpıtarak ve gerçeklikten uzak ve basit mantığa dayanmayan açıklamalar vererek, Hocalı halkına karşı işledikleri katliam suçunu reddettiler. Fakat en ustaca hazırlanmış propagandayla bile Ermeni tarafının açıklamalarının tam tersini kanıtlayan olguları çürütmek mümkün değildir. Ermenistan'ın bu soykırımdaki yeri Azerbaycan Cumhuriyeti'nin yargı ve yasama organlarının önemli bilgileriyle beraber, eşzamanlı bağımsız kaynaklar ve soykırımın tanıkları tarafından belgelenmiş ve soykırımı çıkaranların doğrudan itirafıyla doğrulanmıştır.

"Black Garden: Armenia and Turkey through peace and war” ("Kara Bağ: savaş ve barış yoluyla Ermenistan ve Türkiye") kitabında İngiliz gazeteci Thomas de Vaal Ermeni askerlerinin itiraflarına dayanarak yazıyor: "Bir Ermeni polis memuru, binbaşı Valeri Babayan kısası neden olarak ileri sürdü. O, Amerikalı gazeteci Paul Kvinn-Cac`a Hocalı'ya saldırıda yer almış savaşçıların büyük bir kısmının zamanında Sumgayıt ve civar yerlerden geldiğini söylemişti. Fakat en önemlisi Ermenistan'ın şimdiki Cumhurbaşkanı Serj Sarkisyan'ın yaşanan olaylar hakkında söyledikleriydi: “Hocalı'dan önce Azerbaycanlılar bizimle şaka yapılabileceğine inanıyorlardı. Onlar Ermeniler`in sıradan halkı kurşuna dizmeyeceğini düşünüyorlardı. Biz bu düşüncenin üstesinden gelmesini bildik. İşte, ne oldu. Şunu da unutmamalıyız, o insanların arasında Bakü`den ve Sumgayıt`tan olan göçmenler de vardı.” Sarkisyan'ın sözleri katliamların, en azından kısmen, korku yaratma amacıyla kasten işlenen toplu soykırım eylemi olmasına işaret ederek, Karabağ savaşının en korkunç katliamına farklı boyutta ışık tutmaktadır", - diye Thomas de Vaal görüşünü özetliyor.

Hocalı şehri Azerbaycan topraklarının sonraki işgalinde ve etnik temizlenmede bir aşama olarak seçilmişti. 1992 yılının Mayıs ayında Şuşa şehri ve Ermenistanla Dağlık Karabağ arasında tampon bölge konumunda bulunan Laçin bölgesi işgal edildi.

1993 yılında Ermenistan silahlı birlikleri Azerbaycan'ın Dağlık Karabağ çevresindeki daha altı bölgesini - Kelbecer, Ağdam, Fuzuli, Cebrail, Kubadlı ve Zengilan illerini işgal ettiler. Resmi Erivan'ın Azerbaycan`la çatışan doğrudan taraf olmamasına dair sayısız bildirgeler yayınlanmasına karşın, Ermenistan Cumhuriyeti`nin bağımsız bir devlete karşı doğrudan askeri saldırısına ve asılsız beyanatlarının aleyhine tanıklık eden bulgular ve deliller mevcuttur. Ermenistan Cumhuriyeti Silahlı Birliklerinin Azerbaycan'a karşı düşmanlık sergilemesini kanıtlayan yeterince olgu vardır. Mevcut olguların hepsini burada irdeleyemesek de, aşağıda ayrıntılı şekilde belgelenmiş kanıtlar Ermenistan'ın Azerbaycan'a karşı doğrudan askeri tecavüzünü kanıtlamaktadır. Öyle ki, 1994 yılının Ocak ayında Azerbaycan silahlı kuvvetleri Ermenistan Cumhuriyeti'nin 555 sayılı (59016 sayılı askeri bölüm) bağımsız motorize alayının bölümlerini savaşta yenerek, birkaç Ermeni askerini rehin almıştı. Savaş operasyonları sırasında ortaya çıkarılmış belgeler ortaya çıkmıştır ki, bu alayın bölümlerinden biri Azerbaycan'ın Kelbecer bölgesini işgal etmek isteyen Ermenistan kuvvetlerine yardım amacıyla 1993 yılının Nisan ayında Ermenistan Cumhuriyeti'nin Vardenis kentinden Kelbecere saldırmıştır. Azerbaycan Cumhuriyeti'nin Kelbecer ilçesinde savaş sırasında ele geçirilen ganimetler arasında Ermenistan Cumhuriyeti silahlı kuvvetlerinin genelkurmay başkanı Tümgeneral G.Andresian tarafından 555 sayılı müstakil motorlu alayın komutanına ve ameliyat ekibinin rehberine hitaben imzalı savaş haritaları ve savaş emirleri, hem de Ermenistan Cumhuriyeti silahlı kuvvetlerinin 3-cü müstakil motorlu Tugayı 3. motorlu batalyonunun subaylarına ait savaş haritaları bulunmuştur. Bu haritaların üzerinde el yazısı ile 1 Nisan 1993 tarihinde Azerbaycan'ın Kelbecer bölgesini ele geçirmek amacıyla saldırı emri gelmiştir. Azerbaycan askerleri orduya çağrılmış ve savaş operasyonlarında katılmak için Azerbaycan'a gönderilmiş Ermenistan Cumhuriyeti vatandaşlarının çok sayıda kişisel belgesini ortaya koymuştur. Bu belgeler arasında ulusal pasaportlar, Ermenistan Cumhuriyeti'nin çeşitli askeri komissarlıqları tarafından verilmiş askeri biletler, askere ve Ermenistan Cumhuriyeti'nin çeşitli bölgelerinin askeri komissarlıqları tarafından askeri toplantıya katılmalarının dair çağrı yaprak, Ermenistan Cumhuriyeti İçişleri ve Savunma bakanlıklarının resmi çalışanlar için kartlar, Ermenistan Cumhuriyeti'nin silahlı kuvvetlerinde görev için özel anlaşmalar, seyahat kartları, askeri rütbe verilmesi için dilekçe, mezuniyet ve diğer belgeleri örnek getirmek olur.

30 Nisan 1993 tarihinde BM Güvenlik Konseyi Azerbaycan'ın Kelbecer ilçesinden ve diğer işgal altındaki topraklarından tüm işgalci güçlerin derhal çıkarılmasını talep eden 822 sayılı kararı kabul etti. 29 Temmuz 1993 tarihinde BM Güvenlik Konseyi Azerbaycan'ın Ağdam bölgesi ve diğer işgal altındaki topraklarından işgalci güçlerin tam, hemen ve koşulsuz çıkarılmasını gerektiren 853 sayılı kararı kabul etti. 14 Ekim 1993 tarihinde BM Güvenlik Konseyi AGİT Minsk grubunun düzene sokmadan dair zaman tablosuna uygun olarak, hemen karşılıklı ve zorunlu adımlar atılmasını, aynı zamanda en son işgal edilmiş bölgelerden çekilmeyi gerektiren 874 sayılı kararı kabul etti. 11 Kasım 1993 tarihinde BM Güvenlik Konseyi 884 sayılı kararı kabul etti. Karar Zengilan ilçesi ve Horadiz kasabasının işgalini, sivil nüfusa karşı saldırısı ve Azerbaycan Cumhuriyeti topraklarının bombalanmasını kınamış, Zengilan ilçesi ve Horadiz kasabasından işgalci güçlerin tek taraflı olarak çıkarılmasını ve Azerbaycan Cumhuriyeti'nin en son işgal edilmiş diğer bölgelerinden işgal güçlerinin çıkarılmasını gerektirir.

Dağlık Karabağ sorunu nedeniyle Azerbaycan Cumhuriyeti topraklarının yaklaşık beşte biri işgal edilmiş, ülke genelinde yaklaşık her 8 kişiden biri göçmen veya göçmen durumuna dönüşmüş, 20.000 kişi öldü, 50 000 kişi yaralanmış veya sakat olmuş ve Azerbaycan Cumhuriyeti'nin yaklaşık 5 000 vatandaşı şimdiye kayboldu. Azerbaycan Cumhuriyeti'ne karşı tecavüz ülkenin sosyoekonomik hayatına ciddi bir yıkım meydana getirmiştir. İşgal olun-muş arazilerde 871 yerleşim yeri, aynı zamanda 11 şehir, 12 kasaba, 848 köy, yüzlerce hasta-hane ve tıbbi ekipman yakılmış veya kullanılamaz hale düşürülmüştür. Yüzbinlerce bina ve konut, binlerce sosyal ve tıbbi bina yıkılmış veya yağma edilmiştir. Yüzlerce kütüphane yağmalanmış, çok sayıda değerli yazma yakılmış veya imha edilmiştir. Birkaç devlet tiyatrosu, yüzlerce kulüp ve çok sayıda müzik okulu yok edilmiştir. Binlerce işleme, tarım ve başka tipi fabrika ve fabrika talan edilmiştir. Yüzlerce kilometre uzunluğunda sulama sistemi tamamen dağıtılmıştır. Yüz binlerce koyun ve binlerce sığır sürüsü işgal edilmiş bölgelerden Ermenistan'a götürülmüştür. Azerbaycan otlaqlarının% 70'i işgal altındaki topraklarda kalmıştır. Bölge altyapısı dahil olmak üzere yüzlerce köprü, yüzlerce kilometre yol, binlerce kilometre su ve doğal gaz boru hattı ve çok sayıda gaz dağıtım istasyonu dağıtılmıştır. Azerbaycan'a karşı savaş hem işgal altındaki topraklarda, hem de Ermenistan'da Azerbaycan'ın kültürel mirası ciddi hasar vurmuştur.

İlk bilgilere göre, Ermenistan'ın Azerbaycan Cumhuriyeti'ne karşı saldırısı sonucunda ülkeye onmilyardlarla ABD doları tutarında hasar ayırmışızdır. 12 Mayıs 1994 tarihinde ateşkes imzalandı, fakat Ermenistan ateşkesi ihlal devam ediyor. 2003 yazından itibaren Ermeni tarafının ateşkesi bozma durumları önemli ölçüde artmıştır. Onlar ateşkes hattı boyunca Azerbaycan askerleri ile birlikte, çevre bölgelerde yaşayan sivil halka ateş açıyor, onları öldürdü getirirler.