1968 yılında Azıh mağarasının aşağı katmanlarında Azıh insanının - azıhantrop adlandırılan insanın çene kemiği bulunmuştur. Azıh adamının 350-400 bin yıl önce yaşadığı tahmin edilir. Karabağ’da mustye kültürü daha ziyade Taglar mağarası ile temsil edilmiştir.

Eneolit (M.Ö. VI. - IV. binyıllar), tunç ve ilk demir dönemlerinde (M.Ö. IV. binyılın sonu - I binyılın öncesi) Karabağ’ın hayatında büyük değişiklikler gerçekleşmiştir. Son tunç ve ilk demir dönemi (M.Ö. XIII. – VII. yüzyıllar) Hocalı - Gedebey kültürü adı almıştır. Bu döneme ait Hocalı mezarlığı arkeolojik anıtından üzerinde Asur hükümdarı Adadnirari’ye ait çivi yazısı olan akik boncuk bulunmuştur. Bu tip bulgular bölgenin Ortadoğu’yla ekonomik ve kültürel ilişkilerini onaylar.

Eski çağlardan itibaren ekonomik ve kültürel hayatın gelişimi ile birlikte etno - politik süreçler de devam etmiştir. Azerbaycan’ın güneyinde kudretli Manna Devleti (M.Ö. IX.-VI. yüzyıllar) mevcut olmuştur. Manna Asur ve Urartu ile mücadelede bağımsızlığını koruyabilmiştir. Kuzey Azerbaycan toprakları, aynı zamanda Karabağ arazisi Urartu’nun işgalleri dışında kalmıştır. Bu dönemde, genellikle Güney Kafkasya (Zakafkasya’da) Ermeni etniği olmamıştır. Çok değerli araştırmacıların aktardığı bilgilere göre, Urartu’nun asıl arazisi SSCB’nin sınırlarının ötesinde bulunmaktaydı. Eski çağlarda ve ortaçağda Ermenilerin beraber yaşadığı arazi ise şimdiki Ermenistan Cumhuriyetinin sınırlarından uzaktı. Urartu devletinin varlığına son veren Med devleti (M.Ö. 672-550) sırasında durum değişti. Med Güneydoğu Zakafkasya’nı kendisine tabi kıldı. Bu durum Ahameniler döneminde de (M.Ö. 550-330) devam etti. Büyük İskender (M.Ö.336-323) Ahameni devletini ortadan kaldırdıktan sonra Azerbaycan’ın kuzeyindeki siyasi olaylar yeni safhaya girdi. Bunun sonucunda Makedonyalı İskender’in kısa hakimiyetinden sonra, onun ölümü ile imparatorluğu dağıldığı zaman Azerbaycan’ın güneyinde Atropatena, kuzeyinde ise Albaniya devletleri kuruldu.

M.Ö. IV. yy’da ve sonraları Atropatena Azerbaycan’ın kuzeyinde de arazilere sahipti ve bu zaman Karabağ topraklarına dahil olan toprakların bir bölümü bu Azerbaycan devletine tabi idi. Atropatena ile aynı zamanda kurulmuş olan Albaniya devleti yaklaşık M.Ö. IV. – M.S. VIII. asırlarında mevcut olmakla yaklaşık 1200 senelik bir dönemde Azerbaycan tarihinde büyük rol oynamıştır. Karabağ arazisinin tamamı Albaniya devletinin terkibinde idi ve bu devlet Karabağ’ı kendi bünyesinde korunması için eşsiz mücadele sürdürdü ve bazı istisnalar dışında bunu başardı.

Karabağ Azerbaycan Albaniya devletine ait olduğu gibi, burada yaşayan etnikler de - utiler, gargarlar ve digerleri, Alban aşiretleri idiler. Ermenilerin ilk kez Güney Kafkasya’da (Kafkasya’da) ortya çıkmaları yaklaşık M.Ö. II. yüzyılın sonralara rastlar. Onların bölgeye dahil olması ile yerel devletlere ve halklara karşı saldırı faaliyetleri de başlanmış olur. Ermeniler bu sırada Küçük Asya’nın doğusunda mevcut olan Ermeni çarlığını sözde “Büyük Ermenistan” adlandırır ve göçedip yerleştikleri tüm toprakları Ermeni toprakları adlandırmaya çalışıyorlar. Roma İmparatorluğu’nun M.Ö. 66 yılında II. Tigranı darmadağın etmesi ile uydurma «Büyük Ermenistan» efsanesi boşa çıkar, onlar Roma’nın vassalına dönüşürler. Bu durum IV. yüzyıla dek devam eder. Bu dönemde Azerbaycan-Albaniya devleti ise bağımsız politika yürütmeye devam ediyordu ve Karabağ’ın vilayetleri onun bünyesi dahilindeydi.

Karabağ’ın Azerbaycan’a ait olduğunu ve burada en eski zamanlardan başlayarak çeşitli türk etniklerinn yaşadığını Azerbaycan ve ümumtürk sözlü halk edebiyatının muhteşem abidesi olan «Kitab-ı Dede Korkut» destanları da kanıtlar niteliktedir. Dede Korkut destanları VI. – VII. yüzyıllarda Karabağ dahil bütün Azerbaycan topraklarında, özellikle Gökçe gölü havzasında yayılmıştır. Akkoyunlu hükümdarı Uzun Hasan’ın (1453-1478) buyuruğu üzerine yazılmış olan ünlü Oğuzname’de (Ebu Bekir Tehrani’nin 1470 yılında yazdığı “Kitab-Diyarbekriye”sinde) Gökçe Denizi yaylalarının ve Karabağ’ın eski oğuz Türklerine ait olduğu, oğuz Türklerinin soykökünün dayandığı Oğuz Kağan’ın Gökçe Denizi çevresinde medfun bulunduğu, Bayandur Kağan’ın ise Karabağ’da, Gökçe Denizi yaylalarında yaşadığı ve orada da medfun bulunduğu kaydedilir.

Karabağ’ın tarihinde önemli değişiklikler Arap hilafetinin işgalleri ve bunun sonucunda Albaniya devletinin ortadan kalkması ile yaşanmıştır. Arap işgallerine kadar Karabağ’ın nüfusu etnik olarak aynı, yani Azerbaycan-Albaniya soyundan olduğu halde, bu dönemde Arap hilafetinin Azerbaycan’la ilgili yürüttüğü politika sonucunda vilayetin dağlık bölümünde Ermenilerin dini üstünlüğünün sağlanması, zamanla etnik alana da yansımaya başlar: Albaniya’nın tarihi Arsakh bölge nüfusunun öncelikle grigoryanlaştırılmasına, bunun ardından da ermenileştirilmesine başlanmıştır.

Bu süreçlerin yaşandığı IX. – XIII. yüzyılın başları, özellikle Saciler – Atabeyler - Şirvanşahlar dönemi Güney Kafkasya’nın tamamında Azerbaycan’ın kudretinin daha da arttığı bir dönemdi. Saciler ve Atabeyler faktik olarak Azerbaycan’ın tarihi topraklarını siyasi açıdan birleştirmişlerdi. Geçmiş Albaniya topraklarında kurulmuş olan Haçin knyazliği Mehraniler soyuna mensup olan Hasan Celal’in döneminde (1215-1261) en gelişiş dönemini yaşamıştır. Bu sebepledir ki dönemin önemli tarihi kaynaklarında o, “Haçin ülkeleri knyazi”, “Haçin ve Arsakh ülkelerinin büyük knyazi” unvanlarının yanı sıra, “Albaniya hükümdarı” gibi de anılmaktadır. Dolayısıyla, Hasan Celal’in bütün titulları Azerbaycan - Albaniya tarihine aittir. Onun zamanında Alban mimarlığının en önemli incilerinden biri olan Kanzasar Manastırı inşa edilmiştir.

Moğolların ilk seferi sırasında (1220-1222) zayıflamış olan Atabeyler devletine son veren Harezmşah Celaleddin’in Azerbaycan’da hakimiyeti sırasında (1225-1231) Karabağ bölgesi de onun tabiyetinde bulunmaktaydı. Moğolların ikinci seferi ve Azerbaycan’ın işgalinin sona ermesi ile (1231-1239) Karabağ diğer Azerbaycan toprakları gibi Ali Moğol Hakanlığı’nın (1239-1256), sonra ise Hülagüler (İlhanlılar) devletine (1256-1357) katıldı. Karabağ’ın bu dönemle ilgili tarihi hakkındaki bilgiler kısmen daha genişdir. XIII. – XIV. yüzyıllarda Karabağ Hülakular devletinin siyasi tarihinde önemli rol oynamıştır. Sadece bunu kaydetmemiz kanaatimizce yeterli olacaktır: Moğol hükümdarlarından ikisi, Kazan Han ve Arpa Han, saltanat tahtına Karabağ’da çıkmışlar, diğer iki hükümdar, Argun Han ve Ebu Said, Karabağ’da vefat etmişlerdir. XV. yüzyılda Karabağ Azerbaycan Karakoyunlu (1410-1467) ve Akkoyunlu (1468-1501) devletlerinin sınırları dahilinde idi. Fakat Karakoyunlular döneminde Karabağ’ın sonraki tarihinde önemli bir olay vuku bulmuştur. XV. yüzyılda eski Alban hükümdarı Hasan Celal’in nesli (Celaliler) Karakoyunlu Cihan şahdan “melik” unvanını aldı. Daha sonraları Celaliler neslinin arazisi beş Alban feodal knyazlerine - meliklliklerine (Gülistan, Ceraberd, Haçin, Verende, Dizak) dağıdıldı. Azerbaycan’da Safevi devletinin kurulması ile (1501) Azerbaycan topraklarının tamamının merkezileştirilmesine başlanıldı. XVI. yüzyılın ortalarında Azerbaycan topraklarının tek devlet halinde birleşmesi sona erdi. Bununla da Azerbaycan Safevi devleti bölgenin Osmanlı İmparatorluğu’ndan sonra ikinci en kudretli devletine dönüştü. Bu esnada Ermenilerin herhangi etnik, siyasi üstünlüğü sözkonusu bile değildi. Aksine, o dönemde Azerbaycan’ın etnik ve siyasi sınırları daha net şekillenmişti.

Safeviler Azerbaycan’da 4 beylerbeylik kurmuştur, bunlardan biri de Karabağ ve ya Gence beylerbeğliği idi. Osmanlıların bu topraklarda düzenledikleri icmal ve mufassal defterleri o beylerbeğliğin idari toprak dağılımı konusunda açık bir fikir oluşturmaktadır. 1593 yılı verilerine göre, Gence - Karabağ eyaleti 7 sancak, 36 bölgeye ayrılırdı. Burada kayda alınmış olan 1,3 binden fazla yer adlarının tamamı Azeri Türklerine aitti.

Safevi devletinin zayıflamasından sonra Azerbaycan toprakları İran, Rusya ve Osmanlı devletleri arasında savaş alanına dönüşmüştür. Bu dönemde Gence ve Karabağ toprakları öncelikle Osmanlı İmparatorluğu sınırları dahilinde olmuştur. Aynı dönemde düzenlenen Osmanlı defterleri de Azerilerin bölgenin esas nüfusu olduğunu kanıtlamaktadır.

Hesaplamalara göre, 1727 yılında Gence ve Karabağ eyaletinin nüfusu 122 bin kişiydi. Bu rakamın 80,3 binini (66%) Azeriler, 37,8 binini (31%) Ermeniler (daha doğrusu grigoryanlaşmış ve Ermenileşmiş Albanlar), 3,7 binini (3,1%) Kürtler teşkil etmiştir. Bu dönemde Rusya’nın yardımları sayesinde grigoryanlaşmış Albanlar siyasi açıdan aktifleşmeye başlamıştır. Diğer taraftan, son Safevi hükümdarı III. Abbas’ı yıkarak iktidara gelen Nadir Şah Afşar (1736-1747) onu meşru hükümdar olarak tanımak istemeyen Gence - Karabağ beğlerbeğinin Türk - Müslüman nüfusuna karşı ağır ceza tedbirleri uygulamaya başladı. Bu durum Karabağ’ın Alban meliklerinin konumunu güçlendirdi ve ayrımcılığa ivme kazandırdı. Nadir’in ölümü üzerine onun devleti dağıldı, Azerbaycan’da yerel devletler, hanlıklar oluştu. Diğer bir ifadeyle Azerbaycan, hanlıklarla bağımsızlığını bir kez daha onarmış oldu. Geçmiş Gence - Karabağ eyaletinde iki Azerbaycan Hanlığı - Gence ve Karabağ hanlıkları kuruldu.