Azerbaycan Halk Cumhuriyeti Azerbaycan’ın ayrılmaz bir parçası olan Karabağ’ın tarihi topraklarının tamamında kendi siyasi iktidarını kurmaya çalışıyordu. Bu sırada henüz ilan edilmiş olan Ermenistan (Ararat) Cumhuriyeti de Karabağ’a hiçbir esası olmayan iddia ileri sürdü. Azerbaycan Halk Cumhuriyeti hükümeti bu iddiayı reddetti. Azerbaycan Halk Cumhuriyeti Meclis Başkanı A.M.Topçubaşov Osmanlı Devleti’nin Dışişleri Bakanı ile 1918 yılı Kasım ayının 18’de İstanbul’da yaptığı görüşmeler sırasında bildirmişti: “Ermenilerin ortaya attıkları Karabağ meselesi 5 veya 10 köy meselesi değil, tartışma bütün 4 sancak - Şuşa, Cavanşir, Cebrail ve Zengezur üzerindedir. Bu hanlığın arazisinde Ermenilerin mutlak çoğunluğu konusunda konuşmaya esas yoktur, ayrıca onlar buranın yerli halkı değillerdir. Rusya ile savaş sonrası Türkiye’den buraya göç etmişlerdir... Son olarak, Karabağ’da Ermeniler toplu halde bulunmuyorlar, Müslümanlarla karışık yerleşmişlerdir. Bununla birlikte, biz sorunun barışçıl çözümünden yanayız”.

Ermeniler Karabağ’ı ele geçirmek için daha önceler başladıkları soykırımlarını Azerbaycan Halk Cumhuriyeti döneminde de devam ettirdiler. Azerbaycan hükümeti bu durumu dikkate alarak, 1919 yılının Ocak ayında Şuşa, Cavanşir, Cebrail ve Zengezur kazalarını kapsayan Karabağ general-valiliğini oluşturdu. H. Sultanov Karabağ general-valisi tayin edildi. Ermenistan (Ararat) Cumhuriyetinin Dışişleri Bakanı S. Tigranyan Karabağ general-valiliği kurulmasına itirazını bildirse de, Azerbaycan Halk Cumhuriyeti hükümetinin cevabında bu itiraz asılsız sayılmış ve bu arazilerin Azerbaycan’ın ayrılmaz bir parçası olduğu gösterilmiştir.

Karabağ general-valisi Ermenilerin toprak iddiaları ile birlikte, başlangıçta İngilizler, daha sonralar ise amerikanlarla gergin ilişkiler içinde çalışmak zorunda kaldı. Fakat Ermeniler Karabağ general-valiliği topraklarında barış oluşmasına olanak tanımadılar. 1919 yılının sonlarında – 1920’nin yazında Zengezurda Ermeni-Taşnak silahlı haydut çeteleri sivil Azerbaycan nüfusuna karşı baskınlar ve toplu katliamlar yaptılar.

Ermeniler Cavanşir kazasında karışıklıklar çıkarmış, kazanın dağ köylerine saldırılar sıradan bir hal almıştı. Ermeni haydut çeteleri 1918 senesinin ilkbahar, yaz aylarında kazanın ova bölümünün Müslüman nüfusuna karşı da pekçok şiddet eylemleri düzenlemişlerdir. Karabağ’ın diğer kazası olan Cavanşir’de de Ermeni orduları sivil halka karşı saldırılarda bulunuyorlardı. 1918 yılının Aralık ayında Cebrail kazasının Azerbaycanlılar yaşayan köylerine Ermenilerin saldırıları artmış, 1919 yılının başlarında daha yıkıcı bir karakter almıştı. Şuşa kazasında ve Karabağ’ın siyasi merkezi olan Şuşa kentinde Ermenilerin vahşetleri daha amansız bir biçim almıştı.

Azerbaycan Halk Cumhuriyeti döneminde Şuşa’da Ermenilerin haince saldırılarının en dehşetlisi 22 Mart 1920’de, Azerbaycan halkının Nevruz bayramı günü yaşanmıştır. Bu bölücü olay Azerbaycan’ı işgal etmeye hazırlanan Bolşeviklerin isteği üzerine vuku bulmuştur. Bu sırada bölücü Ermenilerin isyanları çoğu yerde durdurulmuş olsa da, onlar Askeran kalesini ele geçirebildiler. Askeri-siyasi önlemler sonucunda Azerbaycan Halk Cumhuriyeti Karabağ’da egemen haklarını onardı. Fakat ülkesinde yaşadıkları devlete ihanet eden Ermenilerin Karabağ’daki ayrılıkçı eylemler ve yaptıkları soykırımlar Sovyetlerin 1920 yılının Nisan işgalinde ülkenin kuzey sınırlarının korunmasına ağır bir darbe oldu ve bağımsız Azerbaycan devletinin - Azerbaycan Halk Cumhuriyetinin çöküşünü hızlandırdı.